Năm 2009, thành lập Cục Ngoại tuyến và kỹ thuật trực thuộc Tổng cục Cảnh sát Phòng chống tội phạm.

Năm 2015, Cục Ngoại tuyến và kỹ thuật chuyển sang trực thuộc Tổng cục Cảnh sát.

Năm 2018, Theo Nghị định số 01/NĐ-CP ngày 6 tháng 8 năm 2018 quy định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức bộ máy của Bộ Công an. Cục Ngoại tuyến được thành lập trên cơ sở sáp nhập từ Cục Ngoại tuyến và Kỹ thuật trực thuộc Bộ Công an.